El actual órgano de la iglesia tiene dos consolas: una en el presbiterio, que se utiliza por lo general, es nueva; la otra, la original, está delante del cuerpo del órgano, en el coro, y lleva la inscripción de la fecha de inauguración del mismo y los nombres de los donantes. Fue adquirido, para la iglesia del colegio de Lekaroz, por los padres del gran músico y organista Padre José Antonio de San Sebastián (1886 – 1956), conocido posteriormente en el mundo de la música como Padre Donostia.
Se trata de un órgano de la casa Mutin-Cavaillé Coll, construido por Charles Mutin, discípulo predilecto y heredero de Arístides Cavaillé Coll en París. Instalado por el mejor armonizador de la casa Cavaillé Coll, Monsieur Perroux. Inaugurado oficialmente el 20 de agosto de 1922, con un doble concierto de don Luis Urteaga y Aramburu por la mañana y de don Víctor Zubizarreta por la tarde. El órgano fue un regalo de don José Antonio Zulaica y de su señora doña Felipa Arregui.
El traslado del órgano a este templo y su montaje se hizo el año 2003, aunque aún llevó un tiempo su afinación y puesta en uso.
Hasta entonces se usaba un Hamond instalado desde 1950.
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