En el ábside central destaca el gran mural pintado al fresco por Emilio Sánchez Cayuela con la figura orante del santo de Padua, que está suspendida sobre una nube que sostienen dos ángeles. Cuatro ángeles músicos festejan la gloria del santo sobre cuya cabeza una leyenda en latín dice: HIC EST QUI MULTUM ORAT PRO POPULO (Aquí está el que mucho reza por el pueblo). En la base del fresco, un precioso paisaje muy resuelto en el que se ve la ciudad medieval y amurallada de Padua, con la basílica del santo en primer término y las colinas euganeas al fondo. Por debajo de este gran fresco hay otras pinturas más pequeñas que acompañan a derecha e izquierda, la gran imagen exenta y central de San Antonio, obra del taller madrileño de don Félix Granda, construida para este lugar al tiempo de levantarse la iglesia, donde aparece el santo de una manera muy frecuente, con su hábito de capuchino, con el Niño Jesús apoyado en su hombro y sostenido sobre su brazo derecho.
Las pinturas que ocupan este base del fresco central, cada una bajo un arco pintado, representan, vistas de izquierda a derecha, las siguientes escenas de la vida del santo: su madre en Portugal sosteniendo al recién nacido, la toma de hábitos en la Orden Franciscana y su vida monástica; y a la derecha, su primera misa, su viaje a Italia en barca y finalmente su imagen más repetida, con el Niño Jesús alzado en sus brazos. El artista abre y cierra estos seis cuadros con la figura de un adulto sosteniendo un niño, en el primer caso la madre y en el último el santo.
A ambos lados del ábside hay dos pinturas más de Sánchez Cayuela, se trata de lienzos, tan bien sujetos, que las pinturas parecen hechas sobre el muro, como el cuerpo central.
Los cuadros están rematados en medio punto y representan sendos milagros del santo.
En la pintura de la izquierda se ve a San Antonio que, ante la negativa de las autoridades de Rímini para dejarle predicar, se dirige a los peces del mar, que acuden por millares a escucharle. En la pintura de la derecha se representa otro milagro, en este caso el de la resurrección de un joven ante las bendiciones del santo. La tradición dice que San Antonio resucitó a este joven que había sido asesinado porque de su muerte se acusaba al padre del santo. El resucitado testificó con el fin de poner de manifiesto la inocencia del padre.
En el cuadro se ven en el centro las dos figuras principales del santo y del resucitado; a la derecha los padres del santo, a la izquierda los jueces y en el centro un guardia. El motivo de San Antonio de Padua resucitando a un joven es el tema central de la cúpula de la ermita de San Antonio de la Florida que pintó Francisco de Goya en Madrid.
También este motivo se encuentra en un espléndido cuadro de Lorenzo Pasinelli en la catedral de San Petronio en Bolonia.
Y, encima del ábside, en el eje de la pared frontal de la iglesia, cerca de la bóveda, una vidriera circular representa uno de los muchos milagros atribuidos a San Antonio: una mula se postra ante la imagen de la Sagrada Forma en la Custodia sostenida por el santo, manifestando así la preeminencia del alimento espiritual.
Una leyenda en la base de la vidriera dice: “La mula del hereje Bonvillo desprecia el alimento para postrarse ante Jesucristo presente en la eucaristía”. Bonvillo era uno de los herejes cátaros que se burlaban de San Antonio, sin aceptar el hecho eucarístico.
Esta vidriera se debe muy probablemente al taller de la casa Maumejean, que estaba en la ciudad de San Sebastián en los años en que se edificó el templo.
No olvidemos que, por encima de estos arcos laterales en la parte derecha del templo, hay una pintura mural, obra también de Sánchez Cayuela, que representa a Santa Teresita de Lisieux (Alençon 1873 – Lisieux 1897), en ella se ve a la santa caminando y junto a ella, rodilla en tierra, cuatro ángeles.
Sobre ella, una leyenda que dice, en español: “Quiero pasar mi cielo haciendo bien en la tierra”.
